Организованији приступ истраживању и документовању ратних злочина почиње оснивањем Документационог центра за истраживање ратних злочина (“Службени гласник Републике Српске”, број 37/99) и Бироа Владе Републике Српске за односе са Међународним кривичним судом за ратне злочине у Хагу (2001. године).

17.01.2003. године почиње са радом Републички секретаријат за односе са Међународним кривичним судом у Хагу и истраживање ратних злочина, који је формиран Законом о министарствима („Службени гласник Републике Српске, број 70/02). Секретаријат је објединио рад претходне двије институције са Комисијом за тражење несталих и заробљених лица Републике Српске.

16.07.2003. године, Комисија за тражење несталих и заробљених лица Републике Српске се издваја из састава Секретаријата.

23.12.2008.године основан је Републички центар за истраживање ратних злочина (Закон о републичкоj управи, „Службени гласник РС” бр. 118/08) као републичка управна организација у саставу Министарства правде Владе Републике Српске. Новоформирани Центар је реорганизован из Републичког секретаријата за односе са МКСЈ у Хагу и истраживање ратних злочина.

Економском политиком Републике Српске за 2013. годину предвиђено је спајање Оперативног тима Републике Српске за тражење несталих лица и Републичког центра за истраживање ратних злочина, након чега је и формално правно, доношењем  Закона  о измјенама Закона о Републичкој управи („Службени гласник Републике Српске”, бр. 121/12), основана нова републичка управна организација под називом Републички центар за истраживање рата, ратних злочина и тражење несталих лица,  који је почео са радом 01.01.2013. године.